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新品发布 | 4D-DIA磷酸化,千锤百炼,值得等待!

黄梦楠 华大科技BGITech 2023-10-12
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基于timsTOF Pro平台,4D-DIA磷酸化蛋白质组学研究在原有的保留时间RT、质荷比M/Z和离子强度的基础上,增加了离子淌度CCS分析,将3D蛋白质组学分析直接带入4D研究新领域。


质谱的扫描速度影响蛋白鉴定深度,离子淌度分离大幅提高肽段和翻译后修饰鉴定的深度和可靠性,4D蛋白质组学研究不仅能提供高覆盖、高准确性和高通量大样本的深度研究解决方案,同时适用于需要高灵敏深覆盖的各种微量样本研究,包括临床生物穿刺样本、生物标志物的发现、蛋白新药发现等等。技术的革新常常会带来研究热度,选用最新的技术和最完美的4D组合,再搭配上最优质的数据挖掘,让应用研究一步到位。


01

产品优势

高深度:1h鉴定磷酸化肽段近15,000

高准确性:定量相关性达0.95

多维高精度:同4D-DIA常规蛋白定量强强联合,探索蛋白表达“全景图”

02

新文速递

案例研究 1

4D-蛋白质组和4D-磷酸化蛋白质组学研究前列腺癌患者的诊断生物标志物


尿液、血液等体液容易获取且无创,是临床上用于疾病诊断的主要样品类型。本文选取尿液样品,对前列腺癌筛查和早期诊断生物标志物进行了研究。


样本设计:10例前列腺癌患者和10例健康人的尿液样本

研究方法:4D-蛋白质组学、4D-磷酸化蛋白质组学

主要结论:

4D-蛋白质组学分析鉴定到3,302个蛋白;

4D-磷酸化蛋白质组学分析鉴定到3,233条磷酸化肽段和1,098个磷酸化蛋白;

与健康对照组比较,发现前列腺癌组中有121种磷酸化蛋白上调,103种磷酸化蛋白下调。GO分析发现上调的磷酸化蛋白参与的生物学过程包括信号转导、蛋白质磷酸化;分子功能则与蛋白激酶活性有关。KEGG通路分析发现这些磷酸化蛋白主要参与PI3K-Akt/AMPK信号通路、前列腺癌通路等。

图1 前列腺癌尿液EVs磷酸化蛋白质组学分析

案例研究 2

SARS-CoV-2感染的磷酸化蛋白质组学分析


COVID-19大流行的病原体——SARS-CoV-2已经在全世界感染了数百万人,导致数十万人死亡,迫切需要开发抗病毒疗法。


样本设计:非洲绿猴肾上皮Vero E6和表达ACE2的人肺上皮细胞系A549细胞

研究方法:基于赛默飞Exploris 480,DIA蛋白质组学、DIA磷酸化蛋白质组学

主要结论:

共鉴定到4,624个磷酸化修饰位点和3,036个蛋白质,发现相比于蛋白质的丰度变化,蛋白质的磷酸化修饰水平在不同时间点之间呈现更为显著的改变;

SARS-CoV-2感染促进了酪蛋白激酶II (CK2)和p38 MAP激酶的激活、多种细胞因子的产生和有丝分裂激酶的关闭,导致细胞周期阻滞;

发现p38、CK2、CDKs、AXL和PIKFYVE激酶的药理抑制具有抗病毒功效,为未来COVID-19治疗方法提供新的思路。

图2 SARS-CoV-2感染的磷酸化蛋白质组学分析



 NEW

新技术,强势CP!


4D-DIA蛋白质组和4D-DIA磷酸化蛋白质组研究因其技术优势,在数据挖掘领域表现突出;因其组合优势,适用于各种研究领域:分子分型、分子机制研究、生物标志物筛选、药物靶点和药物设计、动植物生长发育研究等。

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